1964年5月至1967年6月在瑞士日内瓦举行的第六轮谈判是当时美国总统肯尼迪根据1962年通过的美国《贸易拓展法》提议召开的，又称“肯尼迪回合”。1964年5月起，美国开始与共同体六国以及总协定其他成员进行削减关税谈判。美国提出有关国家各减关税50％的建议，而西欧国家认为如各减关税50％，美国关税仍高于西欧国家，因此提出“削平”方案，即高关税国家多减，低关税国家少减，以缩小双方的关税差距。这轮谈判历时三年多，1967年7月才勉强达成协议，商定从1968年起的五年内，美国工业品关税平均降低37％，而西欧各国则平均削减35％，涉及关税减让商品项目合计达60000项之多，平均降低关税35%。这轮谈判是1973年以前关税与贸易总协定所主持的所有谈判中最广泛、最复杂的一次，共有占世界贸易额约75％的54个国家参加。谈判第一次涉及了非关税壁垒，关税与贸易总协定第六条虽然规定了反倾销和反补贴税的定义、征收这两类税种的要件和幅度，但各国为保护本国产业，滥用总协定第六条的情况时有发生。这轮谈判制定了第一个反倾销协议，即总协定第六条的实施细则。美国、英国、日本等21个国家签署了该协议，反倾销协议于1968年7月1日生效。

    缔约方数量的增加是这一时期关税与贸易总协定一个显著变化。60年代至70年代，相继独立的发展中国家加入了关税与贸易总协定。1965年2月，就在“肯尼迪回合”的谈判进程中，关税与贸易总协定新增了一个重要的部分。即第四部分“贸易与发展”，清晰地阐明了有关发展中国家指导本国贸易政策的总目标。这一回合还开创了让波兰作为一个“中央计划经济国家”参加关税与贸易总协定多边贸易谈判的先例。